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日志

用PyMOL查看蛋白质表面静电势(Electrostatic potential)

已有 2152 次阅读 2015-2-9 01:05 |个人分类:格物致用| 蛋白质, PyMOL, 静电势

(windows系统下为例)

第一步:安装APBS
PyMOL (1.7) 好像本身就有支持的插件,但是APBS的主程序还是要安装一下的。
http://sourceforge.net/projects/apbs/ 下面找到最新的APBS安装包,比如我用的是APBS 1.4.1。
解压后将apbs文件夹放到C:盘根目录(这个自己可随意)

第二步:将pdb文件生成pqr文件
到下面网站 http://nbcr-222.ucsd.edu/pdb2pqr_2.0.0
不管你是上传自己的PDB还是输入一个PDB的id,不该任何参数,直接submit便可,等待一会就会为你生成一个pqr文件,下载到本地磁盘即可。

下载pqr文件:

第三步:设置和运行APBS
1.用PyMOL打开PDB文件
2.在插件栏中打开APBS插件


3.在 "Main" 菜单页中
点击"Use another PQR"选择框
点击"Choose Externally Generated" to select PQR file" 将你刚才下载的pqr文件地址选上。


4. 在"Program Locations"菜单页中
设置 APBS binary location为 C:\apbs\apbs.exe (均以我的配置为例)
设置APBS psize location为 C:\apbs\psize.py



5.点击 setgrid,然后点击 run APBS按钮,稍等片刻,就会出现一个计算结果面板如下。


6. 点击取消 "solvent accessible surface"选择框,并且调整Low, Middle, High那里的数值,我以-8,0,8为例。


7.最后点击“show”,在蛋白分子显示窗就能看到表面静电式结果,大功告成。



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