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MFEprimer: multiple factor evaluation of the specificity of PCR primers

热7 quwubin 添加于 2010-4-8 15:09 | 4615 次阅读 | 7 个评论

作者
Qu W, Shen Z, Zhao D, Yang Y, Zhang C
摘要
Bioinformatics. 2009 Jan 15;25(2):276-8. Epub 2008 Nov 27. MFEprimer: multiple factor evaluation of the specificity of PCR primers. Qu W, Shen Z, Zhao D, Yang Y, Zhang C. Beijing Institute of Radiation Medicine, State Key Laboratory of Proteomics, Beijing, China. Abstract SUMMARY: We developed a program named MFEprimer for evaluating the specificity of PCR primers based on multiple factors, including sequence similarity, stability at the 3'-end of the primer, melting temperature, GC content and number of binding sites between the primer and DNA templates. MFEprimer can help the user to select more suitable primers before running either standard or multiplex PCR reactions. The cDNA and genomic DNA databases of 10 widely used species, as well as user custom databases, were used as DNA templates for analyzing primers specificity. Furthermore, we maintained a Primer3Plus server with a modified Primer3Manager for one-stop primer design and specificity checking. PMID: 19038987 [PubMed - indexed for MEDLINE]Free Article
详细资料
- 文献种类: Journal Article
- 期刊名称: Bioinformatics
- 期刊缩写: Bioinformatics
- 期卷页: 2008年第25卷第2期 276-278页
- ISBN: 1367-4803
学科领域生物医药 » 生物学
标签

Specificity PCR primer
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MFEprimer: multiple factor evaluation of the specificity of PCR primers

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【原创】

这是自己的工作。

MFEprimer：基于多因素的PCR引物特异性评估工具

PCR引物的特异性直接影响PCR实验的成败，然而在如今众多的PCR引物设计程序中却鲜有检查引物特异性的功能，并且，国际上一些组织提供的基于互联网的引物特异性检查工具，由于如下的几个原因而使得这些工具几乎无人使用，这些原因是：（1）仅仅依靠序列的相似性来判断引物的特异性情况，忽略了引物的其他特性，如自由能，Tm（Melting temperature）等，然而这些特性对PCR反应却是至关重要的；（2）数据库简单且种类较少，并且用户无法自定义数据库；（3）运行速度慢；（4）只有基于互联网的工具或服务，无法批量使用。为了解决这一问题，我们设计并实现了MFEprimer (http://biocompute.bmi.ac.cn/MFEprimer/)：基于多因素的PCR引物特异性评估工具。这个工具改变了引物特异性评估领域的惯性思维，由单一因素（即序列特异性）转向多因素，加入了对PCR反应有重要影响的参数，例如，Tm，自由能，引物结合位点数目等，这些参数的加入，为研究者提供了较为全面的引物质量评估，避免了一些实验的无意义失败，节省了研究者的时间与金钱开支，提高了科研的效率。MFEprimer既提供易于操作使用的基于互联网的引物特异性评估服务，又提供可以下载单机版程序，这个单机版的程序是目前引物特异性评估领域唯一的一个单机版的程序，不依赖于网络，方便用户的自定义服务，如批量评估引物特异性以及自定义评估数据库。MFEprimer的结果显示友好，类似于NCBI BLAST的输出结果界面，容易被用户接受。可供MFEprimer使用的数据库主要分为Genomic DNA和RefSeq mRNA，涵盖包括智人、大鼠、小鼠、线虫、果蝇、线虫、酵母等10个物种。运行在MFEprimer后面的引物相似性搜索工具是BLAST v2.2.18，这是经过系统的评估BLAST（多个版本），BLAT，miBLAST，MPBLAST等多种相似性搜索工具后选出的对于MFEprimer最适合的搜索工具。