Transcription Factor Beacons for the Quantitative Detection of DNA Binding Activity

作者
Vallée-Bélisle A, Bonham AJ, Reich NO, Ricci F, Plaxco KW
摘要
The development of convenient, real-time probes for monitoring protein function in biological samples represents an important challenge of the postgenomic era. In response, we introduce here “transcription factor beacons,” binding-activated fluorescent DNA probes that signal the presence of specific DNA-binding activities. As a proof of principle, we present beacons for the rapid, sensitive detection of three transcription factors (TATA Binding Protein, Myc-Max, and NF-κB), and measure binding activity directly in crude nuclear extracts.
详细资料
- 文献种类:期刊
- 期刊名称: Journal of the American Chemical Society
- 期刊缩写: J. Am. Chem. Soc.
- 期卷页: 2011年第133卷第35期 13836-13839页
- ISBN: 0002-7863
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科学家用DNA合成生物传感器

据美国物理学家组织网9月7日报道，美国和意大利科学家合作，首次使用人的DNA（脱氧核糖核酸）分子制造出纳米生物传感器，其能快速探测数千种不同的转录因子类蛋白质的活动，有望用于个性化癌症治疗并监控转录因子的活动。相关研究发表于《美国化学会志》(JACS)。

转录因子是生命的主控开关，控制着人类细胞的命运。转录因子的作用是阅读基因组并将其翻译成指令，指导组成和控制细胞的分子的合成，它有点像细胞的“设置键”，新传感器的主要工作是阅读这些设置。

新技术的基础是科学家们对细胞内天然生物传感器的研究成果。参与研究的罗马第三大学的弗朗西斯科·里奇表示，探测转录因子活动的所有信息已被编入基因组中，而且当处于受激状态时，这数千个不同的转录因子会依附于特定的目标DNA序列中，因此，可使用这些序列作为起始点来构建新的纳米传感器。

从细菌到人，所有生物都使用“生物分子开关”（由RNA或蛋白制成、可改变形状的分子）来监测环境。这些“分子开关”的诱人之处在于：它们很小，足以在细胞内“办公”，而且非常有针对性，足以应付非常复杂的环境。

该研究团队受到这些天然纳米传感器的启发，用DNA而非蛋白质或RNA合成出了新的纳米传感器。他们将三种天然DNA序列（每种能识别出不同的转录因子）进行了调整，将其编入分子开关中，当这些DNA序列与其目标结合时，这些分子开关就会变成荧光。科学家们能用这样的纳米传感器，通过简单测量荧光强度来直接确定细胞内转录因子的活动。

领导该研究的美国加州大学圣芭芭拉分校的艾历克西斯·亚利-波利瑟纳解释道，科学家们主要通过细胞编程技术改变某些转录因子的浓度，将干细胞变成特定的细胞。新传感器能监测转录因子的活动，因此可确保干细胞被正确地重新编程。它也能确定病人癌细胞中的哪个转录因子被激活，哪个被抑制，以便医生对症下药。因为其能直接在生物样本体内工作，因此，它也能用于筛选和测试抑制肿瘤的新药。

参与此项研究的加州大学圣芭芭拉分校博士后安德鲁·伯翰称，此前已有多个实验室研发出了阅读转录因子的方法，不过，最新方法更方便快捷。科学家们无需花费数小时将蛋白质从细胞中提取出来，只需将传感器直接放入细胞中，测量荧光强度即可。这种传感器可用来监测数千个转录因子的活动，以帮助科学家们更好地理解细胞分裂和发育机制。（来源：科技日报刘霞）

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《美国化学会志》发表论文摘要（英文）

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