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有读书笔记有附件An Atlas of Combinatorial Transcriptional Regulation in Mouse and Man

热2 lyshaerbin 添加于 2010-4-26 16:21 | 1983 次阅读 | 0 个评论

  •  作 者

    Ravasi T, Suzuki H, Cannistraci CV, Katayama S, Bajic VB, Tan K, Akalin A, Schmeier S, Kanamori-Katayama M, Bertin N

  •  摘 要

    Combinatorial interactions among transcription factors are critical to directing tissue-specific gene expression. To build a global atlas of these combinations, we have screened for physical interactions amongthe majority ofhumanandmouseDNA-binding transcription factors (TFs). The complete networks contain 762 human and 877 mouse interactions. Analysis of the networks reveals that highly connected TFs are broadly expressed across tissues, and that roughly half of the measured interactions are conserved between mouse and human. The data highlight the importance of TF combinations for determining cell fate, and they lead to the identification of a SMAD3/FLI1 complex expressed during development of immunity. The availability of large TF combinatorial networks in both human and mouse will provide many opportunities to study gene regulation, tissue differentiation, and mammalian evolution.

  •  详细资料

    • 文献种类:期刊
    • 期刊名称: Cell
    • 期刊缩写: Cell
    • 期卷页: 2010年  第140卷 第5期 744-752页
    • ISBN: 0092-8674

  •  所属群组

    分享bioinformatics  

  •  标 签

    TF 

  • 相关链接 DOI URL 

  •  附 件

    PDF附件An Atlas of Combinatorial Transcriptional Regulation in Mouse and Man 

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    『原创』这是cell2010年发表的一篇关于转录因子组合调控的文章，转录因子在控制基因的表达上起着重要的作用，这篇文章主要研究的是转录因子的组合调控，利用哺乳动物双杂交系统扫描了人类以及鼠类的转录因子之间的物理互作，并测量了这些TF在人类34个组织以及鼠类20个组织内的表达情况，整合网络以及表达谱信息，发现了两类表达模式不同的TF，一个是在组织内广泛表达的，一类是在特定组织内表达的，同时分析了TF度与表达的相关性；利用TF的组合调控发现了一个同源框网络可以很好的分类人类的组织以及起源。同时发现这些TF互作在物种间的保守性问题，最后对一个复合物进行了分析。

    这篇文章给我们提供了很好的数据资源，为以后的TF分析提供了机遇。对于我们纯粹做生物信息的人来说，文章提供的数据是很有价值的，而且现在TF组合调控是很热门的话题，为我们以后的研究提供了很好的指导。

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