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有读书笔记有附件Pise: software for building bioinformatics webs

热5 quwubin 添加于 2010-4-28 23:21 | 2656 次阅读 | 4 个评论

  •  作 者

    Gilbert D

  •  摘 要

    Pise is interface construction software for bioinformatics applications that run by command-line operations. It creates common, easy-to-use interfaces to these applications for the Web, or other uses. It is adaptable to new bioinformatics tools, and offers program chaining, Unix system batch and other controls, making it an attractive method for building and using your own bioinformatics web services.

  •  详细资料

    • 关键词: *Computational Biology; *Computer Communication Networks; Humans; Programming Languages; *Software; Software Design; Systems Integration; User-Computer Interface
    • 文献种类:期刊
    • 期刊名称: Briefings in Bioinformatics
    • 期刊缩写: Brief Bioinform
    • 期卷页: 2002年  第3卷 第4期 405-409页
    • 地址: Biology Department, and Center for Genomics and Bioinformatics, Indiana University, Bloomington 47405, USA. gilbertd@bio.indiana.edu
    • ISBN: 1467-5463
    • 备注:PMID:12511068

  •  标 签

    Coding 

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  •  附 件

    PDF附件Pise: software for building bioinformatics webs 

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    【原创】

    对于普通的生物学者（非专业的生物信息学工作者）而言，Unix命令行程序太难了，面对黑黑的屏幕，敲击很难记忆的程序名称，还有繁杂的参数，简直回到了DOS时代，还有何user-friendly GUI而言？但是，生物信息学领域中的大多数工具都是基于命令行的，例如EMBOSS，BLAST，FASTA以及最近比较热门的高通量测序拼接程序，都是基于命令行的。但是对于生物信息学工作者而言，命令行却是他们的最爱，他们喜欢黑客式的屏幕，喜欢优雅的代码，喜欢跳动的字符...，当然，他们开发的生物学工具，也大多是他们喜爱的命令行程序。

     于是，一个问题出现了，如何让生物学家简单方便的使用黑客式的生物信息学家所开发的命令行程序？

    本文综述的工作Pise正是为解决这一问题而诞生。它用XML语言来描述命令行程序运行参数等信息，然后使用Perl脚本根据命令行程序的参数信息自动化生成html格式的图形化界面，同时生成相应的cgi脚本以及其他一些文件。更为重要的是Pise还支持PIPE数据流传递。

    本文的出发点很好，愿景很美，如果真的好用，那生物信息学家就大大解放了，他们只需要开发命令行程序就行了，然后由Pise生成html的图形化界面，简直太完美了。然而，Pise的使用者寥寥，由于我没有使用过Pise，不知道确切原因，但根据文章内容以及Pise网站的描述，有一点是可以肯定的，那就是Pise配置复杂，不利于使用，这一点从它所需的XML格式文件开始就已经决定了。

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