【原创】搞科研的电脑软件装备

gexiaoying · 发表于 2010-4-23 23:44:16

本帖最后由 gexiaoying 于 2010-4-26 15:24 编辑

工欲善其事，必先利其器。

介绍一下俺用的跟科研相关的软件及经验，跟你用的有哪些不同？欢迎讨论～

（1.免费，2.盗版，逐渐用1取代2）

----基础篇------------------------------------------------------------------------------------

操作系统
1.bio-linux 5.0 (based on Ubuntu 8.04)：常用的生物相关软件已配备齐全（包括第二代测序分析）
2.Windows 7: 读写能力高于XP，兼容性优于Vista

网页浏览器
1.Mozilla Firefox：跟IE内核不同，有些网站不支持，但在Ubuntu里还得用它
1.IE：被有些网站抵制，不支持google wave
即时通讯
1.QQ：QQ的群是个很好的资源，按照自己的研究领域去搜索相应的群，可以随时求助问题。
1.MSN：近乎苛刻地要求更新，不更新就不能用，更新下载速度还那么慢，日渐淘汰。
1.Skype：国外似乎用这个比较多，能打电话。

FTP工具
1.FileZilla

翻译工具
1.有道：目前为止没出过错
1.灵格斯：经常跟剪贴板或ppt冲突，被前者取代

图像处理
1.光影魔术手：照片的简单处理
1.ImageJ：电泳分析、面积分析
2.photoshop
2.windows自带画图
3.Microsoft office PPT

文字编辑
1.CTeX 2.8.0.125：用于论文撰写，WinEdt和word挑出的错不太一样，可以用两个各查一遍
2.UEStudio 6.60.1：似乎处处都能用到它，抽点时间看看它的用法，会令你的文本编辑效率提高不少
2.Microsoft office 2010

PDF浏览器
1.Foxit Reader
2.Adobe Acrobat Professional 9.0：功能那么的强大，还没找到合适的开源替代品

----提高篇------------------------------------------------------------------------------------

统计软件
1.R：跟Tinn-R一同使用
2.Matlab

文献管理
1.新科学在线管理
1.JabRef：简约，数据库为BibTEX格式
1.Mendeley：有着Endnote的强大功能，数据库可以用BibTEX格式，用它替代JabRef，貌似是新科学的英文在线加本地版
2.Endnote：功能强大，不过在word里出过错，功亏一篑，改投Latex+JabRef

beimu1009 · 发表于 2010-4-24 10:36:27

This is excellent! Great job!

近期新科学准备进行科研软件整理与推荐的工作...

It is a good start!

阿平 · 发表于 2010-4-26 04:43:54

bio-linux这么神奇？倒是想试试了

yhhuang · 发表于 2010-4-26 14:34:09

补充一些免费的开源软件：

图像处理： gimp，和photoshop差不多
文字编辑： OpenOffice
统计软件：octave

gexiaoying · 发表于 2010-4-28 20:09:53

本帖最后由 gexiaoying 于 2010-4-29 14:52 编辑

用Mendeley在word中插入参考文献，文件关闭，再重新打开后，它就又重新编号，不记得之前插入的文献啦，难道只能一气呵成？
总结这两天用Mendeley的经验：
优点：能够读取PDF中的信息；在线共享
缺点：在word中插入参考文献不成熟；无法编辑题目格式（斜体，下标等）

策略：
1.Endnote+Word
2.Jabref+latex
3.mendeley管理pdf
4.三个软件可以共用一个pdf的文件夹，注意jabref和mendeley的citation key还有文件名要一致

beimu1009 · 发表于 2010-4-28 20:42:01

用Mendeley在word中插入参考文献，文件关闭，再重新打开后，它就不记得之前插入的文献啦，难道只能一气呵成 ...
gexiaoying 发表于 2010-4-28 20:09

mendeley 可以导出到endnote；
另外，mendeley 亦可保存数据库为BibTEX格式，方便Latex使用：
右键copy Latex Citation，自动保存数据库为BibTEX格式；
export 可保存 bib,ris,xml文件

gexiaoying · 发表于 2010-4-28 22:03:17

回复 6# beimu1009

mendeley导出的bibtex倒是挺全，各项都导出来了
可是endnote格式的只导出了必须的那几项，URL，doi都没有

方案一：
添加文献，用mendeley；
写论文需要插入参考文献了，就根据需要导出Endnote或bibtex格式。
这样做的话，文献标题里的斜体就不好办了，每次都得改，或者干脆不改？

方案二：
主用Endnote；
google scholar或文献自带的cite文件不全时，用mendeley处理pdf，调出cite，转换成所需格式。

beimu1009 · 发表于 2010-4-29 09:45:14

回复 beimu1009

mendeley导出的bibtex倒是挺全，各项都导出来了
可是endnote格式的只导出了必 ...
gexiaoying 发表于 2010-4-28 22:03

关于方案一，是不是需要在“View|Citation style” 中选择你所使用的引文方案？

gexiaoying · 发表于 2010-4-29 14:51:51

回复 8# beimu1009

对，跟endnote类似，按照投稿期刊选择相应的style，提供的style还挺全

beimu1009 · 发表于 2010-4-29 22:51:56

回复 9# gexiaoying

zsbird1223 · 发表于 2010-5-26 09:53:08

谢谢咯。

lwrobinson · 发表于 2011-4-6 19:48:53

foxit phantom可以完全取代acrobat的功能，并且感觉更好用

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