1. 第一台量子机 一个只能用量子力学来描述其运动方式的人造物体可能引发我们对现实概念的测试。 它可能不像T型车那么易操作,但是,从理论上讲,今年推出的这个小型机器击败了亨利•福特的那辆著名汽车或之前制造的其他所有机器。到目前为止,所有的机器都按照支配日常物体运动的不足为奇的经典力学法则进行运动。与此相反,这台新的小装置摇晃的方式只有用通常支配分子、原子、亚原子粒子运动的量子力学的怪异规则才能解释。这台原始量子机为研制无数的实验设备、甚至测试我们对现实的感觉开辟了道路。它的这一潜力和创造力使其成为“年度十大科学进展”之首。 由于量子力学,极小物体的领域看起来与我们的日常世界毫不相同。量子理论决定:一个很小的物体只能吸收离散量的能量、不能保持完全静止,并且实际上可以同时出现在两个地方。科学家们在对原子、分子、亚原子粒子、光、电流、甚至液氦进行的无数试验中观察到这种量子效应及更离奇的效应。但至今没有人在人造物体的运动中看到过这样的效应。 并非是因为物理学家没有努力。研究人员已经制造出了纳米宽、微米长的半导体光束。这种光束又叫“振荡器”,在一个固定的频率下像吉他弦一样振动,而且,根据量子理论,它只能吸收或发射少量能量以及大小与光束频率成正比的量子。为了看到这样的效应,物理学家首先必须先吸出所有可能的量子,只留下处于最不活跃的“基态”的一道光束。即使在这时,光束也不能保持完全静止,因为量子不确定性要求光束持有不可恢复的一半量子的能量,并与难以抑制的“零点运动”共舞。 为了达到基态,物理学家们不得不把光束冷却到接近绝对零度。他们还必须通过增加光束强度来提高其频率,以尽可能增加量子大小。但是,这也降低了运动幅度,使其更难被发现。因此,好几个研究小组在用激光或微波束来冷却光束并检测光束运动,结果在这片量子福地里获得了量子。 | 
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跳板。利用这个长度只有头发丝宽度的振荡器,科学家们实现了最简单的运动量子态。
CREDIT: AARON D. O'CONNELL AND ANDREW N. CLELAND/UNIVERSITY OF CALIFORNIA, SANTA BARBARA |
一个美国物理学家小组在3月报告说发现了一个更快的途径。他们制造的不是光束,而是氮化铝的微小跳板,上面镀有靠变细变厚进行振动的铝。由于这个小装置在一个很高的频率下——高达每秒60亿圈——嗡嗡地响个不停,其中的“压电”材料产生了一个发出柔和颤音的电场,很容易被发现。最重要的是,通过这一领域,物理学家设法“联合”了这个机械设备与一个被称为“相位量子比特”的电子设备——一个本身具有一个低能量一个高能量的量子态的超导环。 研究人员用微波控制量子比特,从而可以用量子比特把能量子送入振荡器或把他们从振荡器里拉出来,就好比你用自动柜员机往银行账户里存入或取出20美元。首先,他们指出,当他们把振荡器冷却到百分之几摄氏度时,他们无法从中获得任何量子。这意味着振荡器必须处在类似自动柜员机吐现的基态,只以零点运动状态轻摇。随后,研究人员把振荡器设在一个量子能量的状态。他们甚至可以让振荡器同时达到两种状态,以致于它实际上同时是以两个不同的量运动。 这个计划的独创性在于振荡器的设计和利用一个量子比特来控制振荡器。事实上,2009年,这个研究小组利用一个相位量子比特把量子送入一个长长的超导金属条,这个金属会与微波共振,就像管风琴与声音共振一样。解决了问题之后,该组成员用自己设计的机械振荡器取代了微波腔体,此举让其他物理学家直拍脑门叹息,懊恼没有机会自己亲眼见证获得量子。有什么用呢?在基础研究领域,简单的量子机或许能用来制造超灵敏探测器或用来生成光量子态。最重大的是,量子机或许能帮助测试量子理论与我们现实感的极限范围。为什么一辆车或一个人不能同时出现在两个略有不同的地方?是不是有什么原理阻止这种现象发生?要找到答案,有一种方法就是设法让一些大一点的物体处在这些量子态。 要实现这种量子力学试验还有很长的路要走。不过,其他研究小组已经在努力实现对人类大小物体的运动的量子控制。事实上,在路易斯安那州利文斯顿和华盛顿州汉福德分别设立的激光干涉引力波天文台(Laser Interferometer Gravitational-Wave Observatory)在未来5年将要进行改造,改造之后将会设有能被激光冷却到运动基态的40千克的对镜,这可能使物理学家有机会尝试大规模实验。 但首先,物理学家必须实现机械物体的运动量子态。2010年,他们实现了。 ——亚德里安•周(Adrian Cho)
2. 建立自己的基因组 今年,一项合成生物学的技术壮举在世界各地占据了头条新闻的位置。在被誉为生物学和生物技术的决定性时刻,马里兰州罗克维尔市和加利福尼亚州圣迭戈的克雷格-文特尔研究所(J. Craig Venter Institute, 简称JCVI)的研究人员创建了一个合成基因组,并把它插入到一个细菌内、代替细菌原有的DNA。这个新基因组促使细菌产生一组新的蛋白质。 合成基因组是天然基因组的拷贝,与天然基因组几乎相同,但最终,研究人员设想按客户要求设计合成基因组用来生产生物燃料、药品或其他有用的化学物质。也是在今年,为了实现上述目的,美国哈佛大学的研究人员提高了修改现有基因组的高通量方法,其他合成生物学家指出基于RNA的“开关”可以让细胞对某些特定信号反应的行为不同。 克雷格•文特尔和他的研究小组把从商店买来的DNA小片段建成了价值四千万美元的基因组。首先,他们在酵母菌中分阶段把这些合成DNA缝合在一起;然后,他们把缝合后的DNA移植到细菌里取代原有的基因组。 虽然不是像媒体宣称的真正的“人工生命”,这一成功促使国会举行了一次听证会,促使一个总统委员会举行了有关合成生物学伦理的一次审查。 但是,这并不是城里唯一的合成生物学的游戏。2009年,哈佛大学的乔治•丘奇(George Church)推出了一种叫做多重基因组工程的技术,这项技术每隔几个小时把多股DNA加入细菌,迅速生成了含有被普遍改造过的基因组的基因工程有机体。今年,他的研究小组想出了制造用于修改基因组的DNA链的更廉价的一个方法,希望这种方法在工业用途上成本效益更好。 加州理工学院的奈尔斯•皮尔斯(Niles Pierce)、斯坦福大学的克里丝蒂娜•斯莫基(Christina Smolke)和波士顿大学的詹姆斯•柯林斯(James Collins)领导各自的研究小组想出了办法,通过修改细胞的调控途径来改变细胞的行为。在某些情况下,他们加入特别设计的RNA分子,这种分子可以在与癌症或发炎有关的细胞里感知到分子。一旦出现这种情况,它们会导致细胞产生一种蛋白质,这种蛋白质可能让细胞对药物敏感或使其发生编程性细胞死亡。另一个小组造出了一个核糖开关,导致细菌去寻找和摧毁阿特拉津除草剂。这些方法比合成基因组和修改过的基因组更具有实际应用意义。 | 
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重建生命。含有合成基因组的细菌的扫描电子显微镜图像。 CREDIT: TOM DEERINCK AND MARK ELLISMAN/THE NATIONAL CENTER FOR MICROSCOPY AND IMAGING RESEARCH, THE UNIVERSITY OF CALIFORNIA, SAN DIEGO |
3. 解读尼安德特人基因组 十三年前,研究人员测序了一名尼安德特人的一些线粒体DNA片段,这项进展成为世界各地的新闻头条。今年,研究人员公开了尼安德特人核基因组的一个草图,以及对这30亿个DNA碱基揭示这些已灭绝人类和我们人类进化过程的第一次分析结果。 通过用新的方法对古DNA降解片段进行测序(见“十年见解总结”,第1616 页),研究人员把38000年到44000年前居住在克罗地亚的三个女性尼安德特人的DNA接合成一个复合序列,以重建约三分之二的尼安德特人完整基因组。科学家们第一次可以详细比较尼安德特人的基因组与现代人类的基因组。 | View larger version:
In a new window DNA中的世界。一些现存的人种可能祖先是尼安德特人。CREDIT: JOE MCNALLY |
通过解读这个序列,研究人员得出结论,认为现代欧洲人和亚洲人——但不是非洲人——有1%到4%遗传了尼安德特人的基因。显然,至少8万年前离开非洲后、但在迁移到欧洲和亚洲之前,尼安德特人与现代人类有过异种交配。如果属实,这一惊人的发现挑战了这样一个模型:认为现代人类走出非洲横扫世界,没有经过异种交配就完全取代了诸如尼安德特人的古人类。 尼安德特人基因组也给研究人员提供了一个强大的新工具,用来寻找人类从尼安德特人分离出去后最近在人体内进化的基因。这个基因目录里包括编码对伤口愈合、精子鞭毛的跳动、基因转录很重要的蛋白质的基因的78个差异。几个编码蛋白质在皮肤、汗腺、发根叶鞘以及皮肤色素沉着得到表达——所有的差异都是现代人类在分散到全球的过程中对新的气候和新的环境的适应。 研究人员还发现人类和尼安德特人有所不同的15个兴趣区,包括在认知和骨骼发育方面发挥重要作用的基因。其中一些基因在人类里发生变异,有助于治疗精神分裂症、唐氏综合症、自闭症或像畸形锁骨和钟形肋骨之类的骨骼畸形病。 研究人员集中研究区分我们人类与尼安德特的几个基因的同时,也在试图破译遗传密码的差异如何改变实验室产生的蛋白质。今年,科学家把11对单肽插入到真核细胞中,来测试基因表达的差异。运气好的话,他们或许能找到让我们生存下来而让尼安德特人灭绝的一些基因。
4. 新一代基因组学 2010年,基因组学的研究人员品尝到了大规模并行测序技术的成果。过去5年来,更廉价、更快捷的“下一代”机器已经得以立足;今年,他们在几个大项目中都取得了重要成果。 “千人基因组计划”是个一个雄心勃勃的尝试,旨在找出存在于至少1%人类体内的所有单碱基差异,又叫单核苷酸多态性(SNPs)。今年,这项计划完成了三个试点研究,一共确定了1500万个SNPs,其中包括850万新的SNPs。这些信息将帮助科学家追踪引发疾病的基因突变。 研究人员还完成了对果蝇(Drosophila melanogaster)和线虫(Caenorhabditis elegans)基因组的所有功能元件的编目;预计结果将在今年年底发布。在人类DNA中,来自现代人类已知最古老谱系的狩猎-采集部落的两个非洲人的完整基因组序列,证实了这些部落内广泛的遗传多样性。 | View larger version:
In a new windowCREDIT: STEVEN EVANS/WIKIPEDIA |
研究人员还制作出了尼安德特人基因组的一个草图(见第1605页),并且破译了保存在格陵兰岛永久冻土层里的4000年前的头发的基因组。丰富的结果还包括对所有转录的DNA——即所谓的转录组——和蛋白质-DNA相互作用的调查,以及对基因表达的评估和对罕见疾病基因的鉴定。
5. 效率提高了的细胞再编程 通过加入额外的基因拷贝来改变细胞的命运已成为世界各地实验室的惯例。这项技术被称为细胞再编程,它使科学家们能回拨细胞发育时钟,使得成体细胞像胚胎干细胞一样工作(见“十年见解总结”,第1612页)。由此产生的诱导多能干细胞(简称iPSCs)正在帮助科学家们研究多种疾病,或许有一天能通过给患者提供基因匹配的替代细胞来帮助治疗。 今年,科学家们发现一种方法,使得用合成RNA分子再编程变得更容易。合成RNA是为了避开细胞通常用来攻击外来RNA的抗病毒防御。这项技术的速度是标准技术的两倍,效率是普通技术的100倍。而且由于RNA快速分解,经过再编程的细胞在基因上与源细胞完全相同,因此在用于治疗时可能更安全。 早期证据表明,与普通方法相比,利用RNA的细胞再编程法编程得更彻底,生成与胚胎干细胞更相近的配对。这种方法也可以促使细胞变成非胚胎类型的细胞。例如,通过把合成RNA插入为肌肉组织中一个关键基因编码的一个细胞,研究人员可以把纤维母细胞和诱导多能干细胞变成肌肉细胞。 |