新科学想法

数据科学的一种Python工作模式：Spyder IDE 远程访问服务器 Jupyter qt console ... . ...

阿平 — Mon, 30 Dec 2019 14:37:28 +0000

做数据科学分析很多时候代码在本地，而数据与运算要依赖在远程的服务器，这点在处理大数据时特别重要。 Jupyter notebook可通过ssh tunnel 的方法使这种远程计算的方法方便地在本地实现。不过我相信还是有一部分用户不喜欢 Jupyter notebook（比如程序员），这里提供一个用Spyder IDE实现的远程qt console访问： 1. ...

yum坏了怎么办？

阿平 — Sat, 28 Dec 2019 22:14:00 +0000

CentOS linux系统中的yum功能坏了，出现以下报错： There was a problem importing one of the Python modules required to run yum. The error leading to this problem was: No module named yum 修正方法如下（CentOS7为例）：从镜像中下载如下安装包 (python, python-devel, python-libs, python-tools, ...

修改BAM的头文件以及相关数据类型

阿平 — Fri, 04 Oct 2019 08:38:35 +0000

以修改染色体命名方式（从chr1换到1）为例 samtools idxstats ./sample.bam | head -n 30 # 查看排列 samtools view -H ./sample.bam > header.sam # 手动修改header.sam内容，比如染色体，重命名文件为 header_corrected.sam samtools reh ...

R和conda环境问题 SHLIB_LIBADD

阿平 — Mon, 15 Jul 2019 10:52:47 +0000

新建conda虚拟环境有无法使用Nvim-R插件，说nvimcom安装失败提示SHLIB_LIBADD未设置，检查conda环境/envs/rnaseq/lib/R/lib/etc/Makeconf 文件是空的，接着将另外一个虚拟环境中的Makeconf 文件拷贝到空的Makeconf中，发现SHLIB仍然报错，然后设置SHLIB_LIBADD = -L/全目录/envs/rnaseq/lib/R/lib 再保存文件，问题解 ...

node js与Apache 代理设置

阿平 — Tue, 25 Jun 2019 00:04:35 +0000

没想到会去用node js 和 React，正好更新以下知识：） httpd.conf 中必须启用以下三项： LoadModule proxy_module libexec/apache2/mod_proxy.so LoadModule proxy_http_module libexec/apache2/mod_proxy_http.so LoadModule proxy_wstunnel_module libexec/apache2/mod_proxy_wstunnel.so 并缺需要定义代理的 ...

常用基因组工具

阿平 — Fri, 07 Jun 2019 12:59:12 +0000

short reads genome aligner: BWA, Bowtie, SOAP2 and SOAP3 (支持GPU) 更多对比见文章(陈旧) https://www.nature.com/articles/jhg201143#t3 RNA-seq aligner: STAR, TopHat CNV callers： CN-Learn, CANOES, CODEX, XHMM 34 and CLAMMS

R语言在Conda编译环境的困扰

阿平 — Mon, 11 Feb 2019 09:43:45 +0000

使用R语言工作环境是建立在anaconda之上，但是安装R软件包时会遇到（或者是经常）编译失败的问题，non-zero exist status 的错误提示有些头痛。查了一下解决方案，发现conda现在将编译器内置了，可是往往不起作用（也许是我版本问题），需要手动安装些软件包如下； Linux下： conda install gcc_linux-64 gxx_ ...

用R做生物学模型或模拟

阿平 — Sun, 20 Jan 2019 15:02:19 +0000

用R处理数据那真是方便，但是做生物学模型或模拟有些吃力，功能包不多呀（有，但是针对性地整合的不多）。看到2016年有人尝试过 http://www.vesnam.com/Rblog/modeling-in-systems-biology/ 但后续就没有了，太可惜。就当作自己记录一下备忘。 ...

谷歌版R语言风格指引

阿平 — Mon, 12 Nov 2018 23:21:25 +0000

以下搬运自：https://google.github.io/styleguide/Rguide.xml Google's R Style Guide R is a high-level programming language used primarily for statistical computing and graphics. The goal of the R Programming Style Guide is to make our R code easier to read, share, and verify. The rules below ...

值得注意的单细胞测序平台

阿平 — Wed, 31 Oct 2018 14:59:37 +0000

Science上的split-seq出来才几个月，商业化公司就出来！美国的科技转化效率真是没得说！ https://www.splitbiosciences.com/

tmux 结合 pbcopy 实现vim的无缝剪贴

阿平 — Fri, 12 Oct 2018 23:18:46 +0000

在~/.tmux.conf 文件中加入 # Use vim keybindings in copy mode setw -g mode-keys vi # Setup 'v' to begin selection as in Vim bind-key -T copy-mode-vi 'v' send-keys -X begin-selection bind-key -T copy-mode-vi 'y' send -X copy-pipe-and-cancel "reattach-to-user-namespace pbcopy" bind-key -T copy- ...

Homebrew 升级问题

阿平 — Sun, 26 Aug 2018 07:48:50 +0000

Mac的hign sierra 版本中禁止了对usr/local等关键目录的操作权限，这让homebrew的某些核心软件升级遇到问题。需要在终端执行一下代码解决： sudo chown -R $(whoami) $(brew --prefix)/*

Vim 与 nvim-R的整合的开发环境（支持 knit 和 rmarkdown，python混编） ... ... ... ...

阿平 — Sun, 19 Nov 2017 23:37:48 +0000

最后的还是用vim了，R的开发用Rstudio其实挺好用的，但是本地用用还好，在cluster或超算中心用肯定不方便了。现在记录一下我配置nvim-R插件为中心的主要配置方法(Mac OS环境)：1 1. 安装 pandoc brew install pandoc 2. 安装 LaTex （MacTex，基本版就差不多，完整版实在太大了）到 http://www.tug.org/mactex/more ...

Vim/NeoVim支持Python的解决

阿平 — Sun, 19 Nov 2017 00:20:06 +0000

在Mac OSX下用homebrew 安装neovim的一个副作用是天然不支持python，使得neovim整合python的环境无法正常工作。一个解决办法是不用homebrew的neovim而重新编译neovim并加入 “--enable-pythoninterp”。不过我发现还有另一个解决办法，就是直接 “pip install neovim"就可与你解决问题，并继续使用homebrew的neovim。 ...

Python Pandas 知识点小抄 Cheat Sheet

阿平 — Fri, 23 Dec 2016 23:53:00 +0000

学Pandas也有不少东西要记住，小抄在手，数据无忧特此与大家共享！下载附件

wxPython 3零碎笔记

阿平 — Thu, 21 May 2015 21:21:55 +0000

从wx3.0以后： 1. wx.InitAllImageHandlers() 直接被取缔了，简单粗暴将该语句去掉就行。 2. setlocale()的写法被self.locale = wx.Locale(wx.LANGUAGE_ENGLISH)取代，防止与系统本地冲突 3. wx.PySimpleApp 被 wx.App替代 4. 事件处理方式可能有所改变，需要仔细测试才知 5. MakeModal被取缔 ...

用PyMOL查看蛋白质表面静电势(Electrostatic potential)

阿平 — Sun, 08 Feb 2015 17:05:34 +0000

（windows系统下为例）第一步：安装APBS PyMOL (1.7) 好像本身就有支持的插件，但是APBS的主程序还是要安装一下的。 http://sourceforge.net/projects/apbs/ 下面找到最新的APBS安装包，比如我用的是APBS 1.4.1。解压后将apbs文件夹放到C:盘根目录（这个自己可随意）第二步：将pdb文件生成pqr文件到下面网站 http ...

系统生物学中的重要数字

阿平 — Mon, 26 Jan 2015 08:38:18 +0000

细胞体积多大，细胞核多大，胞内蛋白的浓度多少？这些问题其实是在一些具体的生物问题中还是要被常常问到的。 BioNumber 这个网站网罗了不少这样的数据，要用时可以参考一。链接：http://bionumbers.hms.harvard.edu 还有换算数据我感觉也是有用的，比如： 1 立方微米 = 10的-15次方升， 1 道尔顿 = 1.66053 * 10的-24次 ...

科学网在copy新科学网吗？

francis_小鱼 — Wed, 27 Aug 2014 13:08:26 +0000

打开新科学网的个人空间时，发现界面和科学网，惊人的相似。不知是科学网在copy新科学网，还是新科学网在copy科学网呢？还是新科学网的核心成员被科学网挖去了呢？

百度学术搜索

beimu1009 — Tue, 17 Jun 2014 10:24:54 +0000

百度最近亦推出了学术搜索： http://xueshu.baidu.com/ 。经简单测试：较新的英文文献搜索结果不理想——具体时间点未确定；中文文献结果未测试；相较谷歌学术有许多要改进的地方，比如updates、快讯等。欢迎大家测试。百度学术的惊喜：搜索结果中有些文献会给出免费下载的链接（ ...