阿平@新科学想法 https://www.xinkexue.com/home.php?mod=space&uid=1 阿平@新科学想法 新科学想法 新科学文献管理系统 1970-1-1 08:00 <![CDATA[首个泛肿瘤的微环境单细胞图谱]]> https://www.xinkexue.com/bib.php?mod=ref&do=view&refid=33351 https://www.xinkexue.com/bib.php?mod=ref&do=view&refid=33351#comments 标题：A pan-cancer blueprint of the heterogeneous tumor microenvironment revealed by single-cell profiling
作者：Qian J,Olbrecht S,Boeckx B,Vos H,Laoui D,Etlioglu E,Wauters E,Pomella V,Verbandt S,Busschaert P,Bassez A,Franken A,Bempt MV,Xiong J,Weynand B,van Herck Y,Antoranz A,Bosisio FM,Thienpont B,Floris G,Vergote I,Smeets A,Tejpar S,Lambrechts D
来源：Cell Research 全文链接: DOI URL
文献笔记：欢迎指教 ]]> 文献管理 Mon, 06 Jul 2020 00:04:38 GMT <![CDATA[Oncogenic Signaling Alters Cell Shape and Mechanics to Facilitate Cell Division under Confinement]]> https://www.xinkexue.com/bib.php?mod=ref&do=view&refid=33289 https://www.xinkexue.com/bib.php?mod=ref&do=view&refid=33289#comments 作者：Matthews HK,Ganguli S,Plak K,Taubenberger AV,Win Z,Williamson M,Piel M,Guck J,Baum B
来源：Developmental Cell 全文链接: DOI URL
文献笔记：RAS让狭窄空间中的肿瘤更好的分裂，包膜更坚固，保证有丝分裂时形状还是圆的，这就让细胞分裂出错的几率减少。<div>RAS 改善genome stability的这种悖论就非常有意思了，其他癌基因说不能也可以做到！</div> ]]> 文献管理 Thu, 06 Feb 2020 16:50:09 GMT <![CDATA[内皮细胞的单细胞解析]]> https://www.xinkexue.com/bib.php?mod=ref&do=view&refid=33287 https://www.xinkexue.com/bib.php?mod=ref&do=view&refid=33287#comments 标题：An Integrated Gene Expression Landscape Profiling Approach to Identify Lung Tumor Endothelial Cell Heterogeneity and Angiogenic Candidates
作者：Goveia J,Rohlenova K,Taverna F,Treps L,Conradi L-C,Pircher A,Geldhof V,de Rooij LPMH,Kalucka J,Sokol L,Garcia-Caballero M,Zheng Y,Qian J,Teuwen L-A,Khan S,Boeckx B,Wauters E,Decaluwe H,De Leyn P,Vansteenkiste J,Weynand B,Sagaert X,Verbeken E,Wolthuis A,Topal B,Everaert W,Bohnenberger H,Emmert A,Panovska D,De Smet F,Staal FJT,Mclaughlin RJ,Impens F,Lagani V,Vinckier S,Mazzone M,Schoonjans L,Dewerchin M,Eelen G,Karakach TK,Yang H,Wang J,Bolund L,Lin L,Thienpont B,Li X,Lambrechts D,Luo Y,Carmeliet P
摘要：Heterogeneity of lung tumor endothelial cell (TEC) phenotypes across patients, species (human/mouse), and models (in vivo/in vitro) remains poorly inventoried at the single-cell level. We single-cell RNA (scRNA)-sequenced 56,771 endothelial cells from human/mouse (peri)-tumoral lung and cultured hum ......
来源：Cancer Cell 全文链接: DOI URL
文献笔记：迄今为止对肺内皮细胞最完备的描述！<div>想想也许对最近的2009冠状病毒研究也帮助<br><div><br></div></div> ]]> 文献管理 Tue, 28 Jan 2020 14:19:19 GMT <![CDATA[数据科学的一种Python工作模式：Spyder IDE 远程访问服务器 Jupyter qt console ... . ...]]> https://www.xinkexue.com/home.php?mod=space&uid=1&do=blog&id=6121 https://www.xinkexue.com/home.php?mod=space&uid=1&do=blog&id=6121#comments Jupyter notebook可通过ssh tunnel 的方法使这种远程计算的方法方便地在本地实现。
不过我相信还是有一部分用户不喜欢 Jupyter notebook（比如程序员），这里提供一个用Spyder IDE实现的远程qt console访问：

1. 在本地和远程通过conda安装 
< ... ]]> Jupyter notebook可通过ssh tunnel 的方法使这种远程计算的方法方便地在本地实现。
不过我相信还是有一部分用户不喜欢 Jupyter notebook（比如程序员），这里提供一个用Spyder IDE实现的远程qt console访问：

1. 在本地和远程通过conda安装 
< ... ]]> 个人日志 Mon, 30 Dec 2019 14:37:28 GMT <![CDATA[yum坏了怎么办？]]> https://www.xinkexue.com/home.php?mod=space&uid=1&do=blog&id=6120 https://www.xinkexue.com/home.php?mod=space&uid=1&do=blog&id=6120#comments There was a problem importing one of the Python modules
There was a problem importing one of the Python modules
DOI URL
文献笔记：这个问题其实之前有过研究，PP1不能太早处于活跃状态，否则联会就出问题，<div>之前研究的SDS22的敲除实验就是可以增加联会速度的，已经能说明问题了。</div><div>这个领域玄乎的地方在于PP1是不是主动被传送到kinetochore的，一些马达蛋白可能有贡献，但是如何观察这种传输与卸货的过程呢？</div> ... ]]> 文献管理 Tue, 29 Oct 2019 08:44:22 GMT <![CDATA[对对碰]]> https://www.xinkexue.com/bib.php?mod=ref&do=view&refid=33278 https://www.xinkexue.com/bib.php?mod=ref&do=view&refid=33278#comments 标题：Quantitative Spatial Profiling of PD-1/PD-L1 Interaction and HLA-DR/IDO-1 Predicts Improved Outcomes of anti-PD-1 Therapies in Metastatic Melanoma
作者：Johnson DB,Bordeaux JM,Kim J-Y,Vaupel CA,Rimm DL,Ho TH,Joseph RW,Daud AI,Conry RM,Gaughan EM,Hernandez-Aya LF,Dimou A,Funchain P,Smithy JW,Witte JS,McKee SB,Ko J,Wrangle J,Dabbas B,Tangri S,Lameh J,Hall JM,Markowitz J,Balko JM,Dakappagari NK
来源：Clinical Cancer Research 全文链接: DOI URL
文献笔记：喜欢该文的理念，那是一组生理现象。<div>空间上的一对（肿瘤细胞和与之接触的T细胞），也是interferon信号上的一对（HLA-DR / IDO1)</div><div>以后如果有可能，把这些对子都组起来形成一个网络，绝对更有价值<br><div><br></div></div> ]]> 文献管理 Mon, 28 Oct 2019 21:09:11 GMT <![CDATA[复发性卵巢癌]]> https://www.xinkexue.com/bib.php?mod=ref&do=view&refid=33276 https://www.xinkexue.com/bib.php?mod=ref&do=view&refid=33276#comments 标题：Assessment of Combined Nivolumab and Bevacizumab in Relapsed Ovarian Cancer
作者：Liu JF,Herold C,Gray KP,Penson RT,Horowitz N,Konstantinopoulos PA,Castro CM,Hill SJ,Curtis J,Luo W,Matulonis UA,Cannistra SA,Dizon DS
来源：JAMA Oncology 全文链接: DOI URL
文献笔记：免疫治疗+抗血管 治疗在铂类药物敏感的病人中有效率高达40%，而在铂类化疗不敏感者只有16%，看来有潜力可挖。 ]]> 文献管理 Sun, 13 Oct 2019 20:00:50 GMT <![CDATA[不能过早使用皮质激素]]> https://www.xinkexue.com/bib.php?mod=ref&do=view&refid=33275 https://www.xinkexue.com/bib.php?mod=ref&do=view&refid=33275#comments 标题：Selective inhibition of low-affinity memory CD8+ T cells by corticosteroids
作者：Tokunaga A,Sugiyama D,Maeda Y,Warner AB,Panageas KS,Ito S,Togashi Y,Sakai C,Wolchok JD,Nishikawa H
来源：The Journal of Experimental Medicine 全文链接: DOI URL
文献笔记：免疫治疗前预防性使用皮质激素害大于利<div>会抑制一些Cd8细胞，也许是TCF7+ ？</div> ]]> 文献管理 Thu, 10 Oct 2019 09:47:27 GMT <![CDATA[修改BAM的头文件以及相关数据类型]]> https://www.xinkexue.com/home.php?mod=space&uid=1&do=blog&id=6119 https://www.xinkexue.com/home.php?mod=space&uid=1&do=blog&id=6119#comments 以修改染色体命名方式 （从chr1换到1）为例samtools&nbs ... ]]> 以修改染色体命名方式 （从chr1换到1）为例samtools&nbs ... ]]> 个人日志 Fri, 04 Oct 2019 08:38:35 GMT