Defrosting the digital library: bibliographic tools for the next generation web

——论下一代在线文献管理工具

     这篇文章其实自己已经收藏好久了，都没有时间好好去看一下，心里总像是有块石头没有放下一样。恰好前天丁香园的张进给我发来邮件，说这篇文章不错，推荐我看一下这篇文章。这次我告诉自己，有这样志同道合的人推荐来看，我再不能给自己找什么理由拖着了。

    为了表示自己的思维还是清楚的，作者开篇就搬出了自己对这篇文章概括的思维导图，对我这种思维稍微有点意识流的人来说倒也不坏，那么我们就随着他的导图展开这篇文章的介绍吧。

一、为什么说电子图书馆是冰冷的？

Herbert Samuel说过“图书馆是思想的冷藏室”，而现在图书馆就算电子化了，也没逃脱这个冷的特点。记得大学时，图书馆对我来说等于自修室，医学的书看累了，拿几本计算机的书解解乏，其他方面，我和图书馆基本算是陌路人。现在电子图书馆来了，做研究看文献，那是每天都在接触，其实对我来说不算太“冷”，但是作者还是指出了它的“冷点”：

1.电子图书馆提供的数据往往只是片段，不提供完整组织方案。比如我们全文的PDF文件下载到硬盘后，这些文件就和电子图书馆算是断了关系，必要的“元数据”（metadata）往往丢失了，我们很难对文献进行管理。

2.电子图书馆之间是相对隔离的，由于出版商之间各自为战，他们之间的数据格式往往基本都有差异。而这种格式之间的差异，就导致用户重用数据以及聚合搜索的困难。

3.只许看，不许动（read-only）。进了电子图书馆，我们能做的就是找到文献，下载，然后马上离开，这就是现状。用户要做些标记、注解？NO way！但更糟的是有些write-only的数据库，数据进入这些电子图书馆后，就等于进了坟墓，再也没有见天日的那天。对用户来说，最好的状态还是读写皆可，这就引出了电子图书馆中Web2.0的概念。

二、电子文献的定位解析问题

文献定位解析URI（UniformResourceIdentifier）的问题，主要就是URL(Universal Resource Locator )和DOI（DigitalObjectIdentifier）之间的优劣取舍问题。我们最熟悉的网址叫URL，好处显而易见，灵活多样，使用简便。坏处也就是太灵活了，而且很多时候可变因素太多，比如网站倒闭了、地址改变了等等，据统计，网址的生存周期只有27个月，你不得不采用些存档的方式来解决使用URL的缺陷（比如：在学术论文中用WebCite存档你要引用的网页）。DOI解析的好处就在于其规范性，而且号称是万里长城永不倒的，不会像URL说变就变。不好的地方就是你要生成一个特定的解析地址，你要花钱买它的服务，交点会员费，这对大的出版社当然是无关痛痒，但对个人来说？哈哈，我还是制造些URL应急吧。作者似乎也对URL情有独钟来着。

三、常用电子图书馆的介绍

作者主要分析了ACM、IEEE、DBLP、PubMed、PubMed Central、ISI Web of Knowledge、Scopus、Citeseer、Google Scholar、arXiv等数据库的主要特点。我这里就不逐一展开了。这点应该说各有优缺点、谁用谁知道。其中Google Scholar看似囊括了全部，其实不然，好多专业数据在Google上是找不到的，而且时间线索不明，我一般只用来泛泛搜一下。

四、电子图书馆需求工作流上的主要问题
1.工作流程上无法满足科研工作者的需要，理想的工作流程图请看下图，看看现在的电子图书馆能满足几条？

2.而且能解决的现有流程中也有好多问题，比如如做唯一性标识、如何得到正确、统一的元数据等。

五、融化坚冰的工具

要融化冰冷的电子图书馆，我们需要借助于优秀的电子文献管理工具，作者介绍了几款主流的在线文献管理工具。比如，Zotero、Mendeley、MyNCBI、Mekentosj Papers、CiteULike、Connotea、HubMed其实这是我最感兴趣的一部分，只可惜作者写得不是很详细。但作者总结了下一个在线文献管理软件需要具备的几个特点或者优势：

1.可搜索

2.可管理

3.使用标签工具

4.在线的服务器

5.猎奇功能

6.有可能还会融入新的技术和概念，如Web3.0

六、如何营造温暖的图书馆

冰冷的图书馆，主要是当前这个社会的问题，身份、信任度、隐私等都可能是营造温暖图书馆的绊脚石。怎样才能让文献作者姓名得到唯一性的认证，怎样的机构才是值得信任的数据提供者，隐私会不会被人窃取等等，当前都不好解决。

对如何建立温暖的友好的图书馆，作者建议需要做到以下几点：1.用简单的URI，2.稳定持久的URI，3.暴露元数据，4.用一个好的析文章地址的唯一标识，5.如何把文献作者正确标识和区分。

我的一点感想：

1.作者一点总结的很好，那就是未来的在线文献管理工具必须具备的特点：1.个性化；2.社会化。

但是显然作者在介绍几款在线管理工具的时候，还是很忽视社会化的。在线文献管理在文献管理本身以及个性化方面，要和桌面软件如Endnote和Biblioscape比，那确实还是有不少差距的，这方面我们最多只能追成平手。但是社会化就不同，它是在线文献管理的天然优势。我在1年前看到CiteUlike的时候，她的社会化做得不怎么样，我认为这个如果不做好，一定没希望，所以我就开始做新科学的在线文献管理，区别于citeulike在于把社会化更多地融入进来。但是一年过去了，我们看到CiteUlike对社会化功能也重视起来了，增加了不少新的社会化工具，那我就必须承认，这家伙将会越来越强大。而反观Connotea，一年来变化不大，虽然有Nature集团做强大后盾，她一定不会享受到如同facebook那样快速的用户增长的。

2.作者低估了Mendeley这个软件。她很奇特，是桌面软件，但是有时在线文献管理，中间依靠一个同步系统将桌面和在线网站有机的结合起来了，在这个阶段，我觉得这种配合是非常绝妙的，给习惯于endnote等桌面软件的用户一个非常良好的过度阶段。即保留了桌面软件的强大功能，又体现在线文献管理的诸多优势。

3.作者没提wizfolio，如同前面提到的，性能上接近桌面软件了，非常难得。而且在线的服务也是很有特色，唯一缺憾就是不是免费的：（

Hull D, Pettifer SR, & Kell DB (2008). Defrosting the digital library: bibliographic tools for the next generation web. PLoS computational biology, 4 (10) PMID: 18974831